Il Parco Nazionale del Lago Manyara costituisce un bioma assolutamente speciale caratterizzato dalla più alta biodiversità della Tanzania e per questa ragione fu dichiarato dall’UNESCO Patrimonio dell'Umanità nel 1981. In una superficie di soli 330 kmq, di cui 200 occupati dal lago, possiamo trovare cinque differenti ecosistemi:
la foresta equatoriale alimentata dal lago sotterraneo
la foresta xerofila con palme, acacie e baobab
l'ambiente lacustre del delta con acquitrini e canneti
la savana e le distese di erbe alte
i siti vulcanici con sorgenti calde

La coesistenza di ecosistemi così diversi rappresenta la biomassa (rapporto flora/fauna per metro quadrato) più alta dell'Africa Orientale.
L'ingresso del Parco è caratterizzato da una fitta e lussureggiante foresta di alberi ad alto fusto, principalmente acacie e euforbie, habitat naturale di colonie numerose di scimmie blu e di babbuini che si possono osservare a distanza molto ravvicinata, ma anche riparo ideale durante la stagione secca per giraffe ed elefanti. In prossimità del lago, la foresta cede il passo inizialmente a piccole aree di savana, popolate da giraffe, zebre, gnu, facoceri e bufali, attirati dall'abbondanza di un'erba chiamata "falasco"che cresce lungo le rive del lago e viene usata per impagliare sedie e intrecciare ceste e stuoie.
Proseguendo in direzione sud, il Parco si riduce ad una sottile striscia di terra compresa tra il lago e la parete rocciosa a strapiombo della spaccatura della Rift Valley. Il paesaggio in questa parte del Parco offre degli scorci spettacolari; e’ abbastanza facile avvistare lungo le vicinissime rive del lago branchi di elefanti, di bufali e di giraffe pascolare indisturbati e, tra le roccie, le agili antilopi saltarupi. In quest'area si trovano anche le sorgenti di acqua calda, "Maji Moto", che sgorgano alla temperatura di circa 60°.
Il Parco Nazionale del Lago Manyara è un vero e proprio paradiso per la varietà e l'abbondanza di fauna ornitica, con oltre 380 specie diverse avvistate e catalogate; offre inoltre lo spettacolo unico e singolare di grandi stormi più che di singoli avvistamenti. Durante la stagione delle piogge il lago è popolato da migliaia di fenicotteri (durante la stagione secca la maggior parte di questi uccelli si sposta verso il Lago Natron per la riproduzione). A seconda del periodo, lungo le rive del lago si possono avvistare stormi di pellicani bianchi, pellicani grigi, fenicotteri, cicogne, cormorani e molte altre specie acquatiche incluse quelle eurasiatiche migratorie.
La fitta foresta di alberi ad alto fusto all'ingresso del Parco è l'habitat naturale dei buceri dalle guance argentate, facile da avvistare in coppie o in numerosi gruppi, mentre i bassi arbusti sono il riparo sicuro del bucorvo di Leadbeater (Bucorvus Leadbeateri). Sono presenti nel Parco ben 46 specie di rapaci, tra cui il grifone di Ruppell, l'avvoltoio Egiziano, l'aquila di Verreaux, l'aquila coronata, l'aquila marziale, il falco pellegrino e lo sparviero dei pipistrelli; le inseparabili coppie di pappagallini "Agapornis fischeri" (Inseparabile di Fisher), i martin pescatore, i barbuti testarossa ed i Peters twinspot che si distinguono per i loro sgargianti colori tra i rami degli alberi della foresta.
Tra i mammiferi predatori troviamo leoni e leopardi. Disturbati dalle punture degli insetti i leoni di Manyara hanno sviluppato l'abitudine di arrampicarsi sui rami delle acacie (leoni arboricoli); i felini amano soprattutto la foresta a sud del fiume Msasa dove possono nascondersi indisturbati e riposare durante le ore del giorno.
Ernest Hemingway, che descrisse il suo safari in questa zona nel romanzo "Verdi colline d'Africa", definì il Manyara "il più bel lago di tutta l'Africa"